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name: containerize-mcp-server description: > Dockerを使用してRベースのMCP（Model Context Protocol）サーバーをコンテナ化する。 mcptools統合、ポート公開、stdio vs HTTPトランスポート、およびコンテナ化されたサーバーへの Claude Code接続をカバーする。ローカルR環境なしでR MCPサーバーをデプロイする場合、 再現可能なMCPサーバー環境の構築、他のコンテナ化されたサービスと並行してMCPサーバーを実行する場合、 またはMCPサーバーを他の開発者に配布する際に使用する。 license: MIT allowed-tools: Read Write Edit Bash Grep Glob metadata: author: Philipp Thoss version: "1.0" domain: containerization complexity: advanced language: Docker tags: docker, mcp, mcptools, claude, container locale: ja source_locale: en source_commit: 6f65f316 fence_basis_commit: 6f65f316 translator: claude-sonnet-4-6 translation_date: 2026-03-16

MCPサーバーのコンテナ化

R MCPサーバーをDockerコンテナにパッケージ化し、ポータブルなデプロイを実現する。

使用タイミング

• ローカルR環境なしでR MCPサーバーをデプロイする場合
• 再現可能なMCPサーバー環境の構築
• 他のコンテナ化されたサービスと並行してMCPサーバーを実行する場合
• MCPサーバーを他の開発者に配布する場合

入力

• 必須: R MCPサーバー実装（mcptoolsベースまたはカスタム）
• 必須: Dockerがインストールされ実行中であること
• 任意: サーバーに必要な追加Rパッケージ
• 任意: トランスポートモード（stdioまたはHTTP）

手順

ステップ1: MCPサーバー用Dockerfileの作成

FROM rocker/r-ver:4.5.0

# Install system dependencies
RUN apt-get update && apt-get install -y \
    libcurl4-openssl-dev \
    libssl-dev \
    libxml2-dev \
    libgit2-dev \
    libssh2-1-dev \
    git \
    curl \
    && rm -rf /var/lib/apt/lists/*

# Install R packages
RUN R -e "install.packages(c( \
    'remotes', \
    'ellmer' \
    ), repos='https://cloud.r-project.org/')"

# Install mcptools
RUN R -e "remotes::install_github('posit-dev/mcptools')"

# Set working directory
WORKDIR /workspace

# Expose MCP server ports
EXPOSE 3000 3001 3002

# Environment variables
ENV R_LIBS_USER=/workspace/renv/library
ENV RENV_PATHS_CACHE=/workspace/renv/cache

# Default: start MCP server
CMD ["R", "-e", "mcptools::mcp_server()"]

期待結果： プロジェクトルートにrocker/r-verベースイメージ、システム依存関係、mcptoolsインストール、デフォルトコマンドとしてMCPサーバーを含むDockerfileが存在する。

失敗時： ベースイメージタグがRバージョンと一致していることを確認する。remotes::install_githubが失敗した場合、gitとlibgit2-devがシステム依存関係レイヤーに含まれていることを確認する。

ステップ2: docker-compose.ymlの作成

version: '3.8'

services:
  mcp-server:
    build:
      context: .
      dockerfile: Dockerfile
    container_name: r-mcp-server
    image: r-mcp-server:latest

    volumes:
      - /path/to/projects:/workspace
      - renv-cache:/workspace/renv/cache

    stdin_open: true
    tty: true

    network_mode: "host"

    environment:
      - TERM=xterm-256color
      - R_LIBS_USER=/workspace/renv/library

    restart: unless-stopped

volumes:
  renv-cache:
    driver: local

network_mode: "host"を使用することで、MCPサーバーのポートがlocalhostでアクセス可能になる。

期待結果： プロジェクトルートにMCPサーバーサービス、プロジェクトファイルとrenvキャッシュのボリュームマウント、stdioトランスポート用のstdin_open/tty有効化を含むdocker-compose.ymlファイルが存在する。

失敗時： ボリュームパスが無効な場合、/path/to/projectsを実際のプロジェクトディレクトリに調整する。Windows/WSLでは/mnt/c/...または/mnt/d/...パスを使用する。

ステップ3: ビルドと起動

docker compose build
docker compose up -d

期待結果： MCPサーバーが実行中のコンテナが起動する。

失敗時： docker compose logs mcp-serverでログを確認する。よくある問題：

• Rパッケージの不足: DockerfileのRUNインストールステップに追加する
• ポートが既に使用中: 公開ポートを変更するか競合するサービスを停止する

ステップ4: Claude Codeのコンテナへの接続

stdioトランスポートの場合（コンテナはstdinで実行中の状態を維持する必要がある）：

claude mcp add r-mcp-docker stdio "docker" "exec" "-i" "r-mcp-server" "R" "-e" "mcptools::mcp_server()"

HTTPトランスポートの場合（MCPサーバーがサポートしている場合）：

{
  "mcpServers": {
    "r-mcp-docker": {
      "type": "http",
      "url": "http://localhost:3000/mcp"
    }
  }
}

期待結果： Claude CodeのMCP設定にr-mcp-dockerサーバーエントリが含まれ、claude mcp listで新しいサーバーが表示される。

失敗時： stdioトランスポートの場合、コンテナ名が一致していること（r-mcp-server）とdocker psでコンテナが実行中であることを確認する。HTTPトランスポートの場合、ポートが公開されてcurl http://localhost:3000/mcpで到達可能であることを確認する。

ステップ5: 接続の確認

# Check container is running
docker ps | grep mcp-server

# Test R session inside container
docker exec -it r-mcp-server R -e "sessionInfo()"

# Verify mcptools is available
docker exec -it r-mcp-server R -e "library(mcptools)"

期待結果： docker psでr-mcp-serverコンテナが実行中と表示され、sessionInfo()が期待されるRバージョンを返し、library(mcptools)がエラーなく読み込まれる。

失敗時： コンテナが実行されていない場合、docker compose logs mcp-serverで起動エラーを確認する。mcptoolsの読み込みに失敗した場合、パッケージが正しくインストールされたことを確認するためイメージをリビルドする。

ステップ6: カスタムMCPツールの追加

プロジェクト固有のMCPツールを追加するには、Rスクリプトをマウントする：

volumes:
  - ./mcp-tools:/mcp-tools

CMDでそれらを読み込む：

CMD ["R", "-e", "source('/mcp-tools/custom_tools.R'); mcptools::mcp_server()"]

期待結果： カスタムRスクリプトがコンテナ内の/mcp-tools/でアクセス可能で、MCPサーバーが起動時にデフォルトツールと一緒にそれらを読み込む。

失敗時： docker exec -it r-mcp-server ls /mcp-tools/でボリュームマウントパスが正しいことを確認する。スクリプトのsourceに失敗する場合、カスタムツールに不足しているパッケージ依存関係を確認する。

バリデーション

• コンテナがエラーなくビルドされる
• MCPサーバーがコンテナ内で起動する
• Claude Codeがコンテナ化されたサーバーに接続できる
• MCPツールがリクエストに正しく応答する
• コンテナがクリーンに再起動する
• ボリュームマウントでプロジェクトファイルにアクセスできる

よくある落とし穴

• stdin/ttyの要件: MCP stdioトランスポートにはstdin_open: trueとtty: trueが必要
• ネットワーク分離: デフォルトのDockerネットワーキングではlocalhostアクセスが妨げられる場合がある。network_mode: "host"を使用するか特定のポートを公開する
• パッケージバージョン: 再現性のためmcptoolsを特定のコミットに固定する
• 大きなイメージサイズ: mcptoolsとその依存関係は大きくなりうる。本番環境ではマルチステージビルドを検討する
• WindowsのDockerパス: Windows上のDocker DesktopとWSLを使用する場合、パスマッピングが異なる

関連スキル

• create-r-dockerfile - R用の基本的なDockerfileパターン
• setup-docker-compose - compose設定の詳細
• configure-mcp-server - DockerなしのMCPサーバー設定
• troubleshoot-mcp-connection - MCP接続の問題のデバッグ