---

name: analyze-codebase-workflow description: > Analizar un codebase arbitrario para auto-detectar flujos de trabajo, pipelines de datos y dependencias de archivos usando el motor put_auto() de putior. Produce un plan de anotación que mapea los patrones de E/S detectados a archivos fuente en más de 30 lenguajes soportados con 902 patrones de auto-detección. Úsalo al incorporarse a un codebase desconocido para entender el flujo de datos, al iniciar la integración de putior en un proyecto sin anotaciones existentes, al auditar el pipeline de datos de un proyecto antes de documentarlo, o al preparar un plan de anotación antes de ejecutar annotate-source-files. locale: es source_locale: en source_commit: 6f65f316 fence_basis_commit: 6f65f316 translator: claude-opus-4-6 translation_date: 2026-03-16 license: MIT allowed-tools: Read Write Edit Bash Grep Glob metadata: author: Philipp Thoss version: "1.0" domain: workflow-visualization complexity: intermediate language: multi tags: putior, workflow, analysis, auto-detect, polyglot, data-pipeline

Analyze Codebase Workflow

Examinar un repositorio arbitrario para auto-detectar flujos de datos, E/S de archivos y dependencias entre scripts, y luego producir un plan de anotación estructurado para refinamiento manual.

Cuándo Usar

• Al incorporarse a un codebase desconocido y necesitar entender el flujo de datos
• Al iniciar la integración de putior en un proyecto que no tiene anotaciones PUT aún
• Al auditar el pipeline de datos de un proyecto existente antes de documentarlo
• Al preparar un plan de anotación antes de ejecutar annotate-source-files

Entradas

• Requerido: Ruta al repositorio o directorio fuente a analizar
• Opcional: Subdirectorios específicos en los que centrarse (predeterminado: todo el repositorio)
• Opcional: Lenguajes a incluir o excluir (predeterminado: todos los detectados)
• Opcional: Alcance de detección: solo entradas, solo salidas, o ambas (predeterminado: ambas + dependencias)

Procedimiento

Paso 1: Examinar la Estructura del Repositorio

Identifica los archivos fuente y sus lenguajes para entender qué puede analizar putior.

library(putior)

# List all supported languages and their extensions
list_supported_languages()
list_supported_languages(detection_only = TRUE)  # Only languages with auto-detection

# Get supported extensions
exts <- get_supported_extensions()

Usa el listado de archivos para entender la composición del repositorio:

# Count files by extension in the target directory
find /path/to/repo -type f | sed 's/.*\.//' | sort | uniq -c | sort -rn | head -20

Esperado: Una lista de extensiones de archivos presentes en el repositorio, con conteos. Mapea estos contra get_supported_extensions() para conocer la cobertura.

En caso de fallo: Si el repositorio no tiene archivos que coincidan con las extensiones soportadas, putior no puede auto-detectar flujos de trabajo. Considera si el lenguaje es soportado pero los archivos usan extensiones no estándar.

Paso 2: Verificar la Cobertura de Detección por Lenguaje

Para cada lenguaje detectado, verifica la disponibilidad de patrones de auto-detección.

# Check which languages have auto-detection patterns (18 languages, 902 patterns)
detection_langs <- list_supported_languages(detection_only = TRUE)
cat("Languages with auto-detection:\n")
print(detection_langs)

# Get pattern counts for specific languages found in the repo
for (lang in c("r", "python", "javascript", "sql", "dockerfile", "makefile")) {
  patterns <- get_detection_patterns(lang)
  cat(sprintf("%s: %d input, %d output, %d dependency patterns\n",
    lang,
    length(patterns$input),
    length(patterns$output),
    length(patterns$dependency)
  ))
}

Esperado: Conteos de patrones impresos para cada lenguaje. R tiene 124 patrones, Python 159, JavaScript 71, etc.

En caso de fallo: Si un lenguaje no devuelve patrones, soporta anotaciones manuales pero no auto-detección. Planifica anotar esos archivos manualmente.

Paso 3: Ejecutar la Auto-Detección

Ejecuta put_auto() en el directorio objetivo para descubrir elementos del flujo de trabajo.

# Full auto-detection
workflow <- put_auto("./src/",
  detect_inputs = TRUE,
  detect_outputs = TRUE,
  detect_dependencies = TRUE
)

# Exclude build scripts and test helpers from scanning
workflow <- put_auto("./src/",
  detect_inputs = TRUE,
  detect_outputs = TRUE,
  detect_dependencies = TRUE,
  exclude = c("build-", "test_helper")
)

# View detected workflow nodes
print(workflow)

# Check node count
cat(sprintf("Detected %d workflow nodes\n", nrow(workflow)))

Para repositorios grandes, analiza subdirectorios de forma incremental:

# Analyze specific subdirectories
etl_workflow <- put_auto("./src/etl/")
api_workflow <- put_auto("./src/api/")

Esperado: Un data frame con columnas que incluyen id, label, input, output, source_file. Cada fila representa un paso del flujo de trabajo detectado.

En caso de fallo: Si el resultado está vacío, los archivos fuente pueden no contener patrones de E/S reconocibles. Intenta habilitar el registro de depuración: workflow <- put_auto("./src/", log_level = "DEBUG") para ver qué archivos se escanean y qué patrones coinciden.

Paso 4: Generar el Diagrama Inicial

Visualiza el flujo de trabajo auto-detectado para evaluar la cobertura e identificar brechas.

# Generate diagram from auto-detected workflow
cat(put_diagram(workflow, theme = "github"))

# With source file info for traceability
cat(put_diagram(workflow, show_source_info = TRUE))

# Save to file for review
writeLines(put_diagram(workflow, theme = "github"), "workflow-auto.md")

Esperado: Un diagrama de flujo Mermaid que muestra los nodos detectados conectados por aristas de flujo de datos. Los nodos deben estar etiquetados con nombres significativos de funciones/archivos.

En caso de fallo: Si el diagrama muestra nodos desconectados, la auto-detección encontró patrones de E/S pero no pudo inferir las conexiones. Esto es normal — las conexiones se derivan de hacer coincidir los nombres de archivos de salida con los nombres de archivos de entrada. El plan de anotación (siguiente paso) abordará las brechas.

Paso 5: Producir el Plan de Anotación

Genera un plan estructurado que documente qué se encontró y qué necesita anotación manual.

# Generate annotation suggestions
put_generate("./src/", style = "single")

# For multiline style (more readable for complex workflows)
put_generate("./src/", style = "multiline")

# Copy suggestions to clipboard for easy pasting
put_generate("./src/", output = "clipboard")

Documenta el plan con evaluación de cobertura:

## Annotation Plan

### Auto-Detected (no manual work needed)
- `src/etl/extract.R` — 3 inputs, 2 outputs detected
- `src/etl/transform.py` — 1 input, 1 output detected

### Needs Manual Annotation
- `src/api/handler.js` — Language supported but no I/O patterns matched
- `src/config/setup.sh` — Only 12 shell patterns; complex logic missed

### Not Supported
- `src/legacy/process.f90` — Fortran not in detection languages

### Recommended Connections
- extract.R output `data.csv` → transform.py input `data.csv` (auto-linked)
- transform.py output `clean.parquet` → load.R input (needs annotation)

Esperado: Un plan claro que separa los archivos auto-detectados de los que necesitan anotación manual, con recomendaciones específicas para cada archivo.

En caso de fallo: Si put_generate() no produce salida, asegúrate de que la ruta del directorio sea correcta y contenga archivos fuente en lenguajes soportados.

Validación

• put_auto() se ejecuta sin errores en el directorio objetivo
• El flujo de trabajo detectado tiene al menos un nodo (a menos que el repositorio no tenga E/S reconocible)
• put_diagram() produce código Mermaid válido del flujo de trabajo auto-detectado
• put_generate() produce sugerencias de anotación para archivos con patrones detectados
• Documento del plan de anotación creado con evaluación de cobertura

Errores Comunes

• Escaneo demasiado amplio: Ejecutar put_auto(".") en la raíz de un repositorio puede incluir node_modules/, .git/, venv/, etc. Apunta a directorios fuente específicos.
• Esperar cobertura completa: La auto-detección encuentra E/S de archivos y llamadas a bibliotecas, no lógica de negocio. Una tasa de cobertura del 40-60% es típica; el resto necesita anotación manual.
• Ignorar dependencias: El flag detect_dependencies = TRUE captura llamadas source(), import, require() que vinculan scripts entre sí. Deshabilitarlo pierde las conexiones entre archivos.
• Incompatibilidad de lenguaje: Los archivos con extensiones no estándar (p.ej., .R vs .r, .jsx vs .js) pueden no detectarse. Usa get_comment_prefix() para verificar si una extensión es reconocida. Ten en cuenta que los archivos sin extensión como Dockerfile y Makefile se soportan mediante coincidencia exacta del nombre de archivo.
• Repositorios grandes: Para repositorios con más de 100 archivos fuente, analiza por módulo/directorio para mantener los diagramas legibles.

Habilidades Relacionadas

• install-putior — requisito previo: putior debe estar instalado primero
• annotate-source-files — siguiente paso: añadir anotaciones manuales basadas en el plan
• generate-workflow-diagram — generar el diagrama final después de que la anotación esté completa
• configure-putior-mcp — usar herramientas MCP para sesiones de análisis interactivas