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name: install-putior locale: wenyan-lite source_locale: en source_commit: 82c77053 fence_basis_commit: 82c77053 translator: "Julius Brussee homage — caveman" translation_date: "2026-04-24" description: > Install and configure the putior R package for workflow visualization. Covers CRAN and GitHub installation, optional dependencies (mcptools, ellmer, shiny, shinyAce, logger, plumber2), and verification of the complete annotation-to-diagram pipeline. Use when setting up putior for the first time, preparing a machine for workflow visualization tasks, when a downstream skill requires putior to be installed, or restoring an environment after an R version upgrade or renv wipe. license: MIT allowed-tools: Read Write Edit Bash Grep Glob metadata: author: Philipp Thoss version: "1.0" domain: workflow-visualization complexity: basic language: R tags: putior, install, workflow, mermaid, visualization, R

裝 putior 套件

裝 putior R 套件及其選擇性依賴，使註解至圖之管線於專案中可用。本技能涵蓋核心裝、選擇性擴展之擇與管線之驗證。

適用時機

• 於專案或環境首次設 putior
• 為工作流程視覺化任務備機
• 下游技能（analyze-codebase-workflow、generate-workflow-diagram）需 putior 已裝
• R 版本升級或 renv 清除後恢復環境

輸入

• 必要：可存取之 R 安裝（>= 4.1.0）
• 選擇性：自 CRAN（預設）或 GitHub 開發版裝
• 選擇性：欲裝哪些選擇性依賴群：MCP（mcptools、ellmer）、互動（shiny、shinyAce）、日誌（logger）、ACP（plumber2）

步驟

步驟一：驗 R 安裝

確 R 可用且合最低版本要求。

R.Version()$version.string
# Must be >= 4.1.0

# From WSL with Windows R
"/mnt/c/Program Files/R/R-4.5.2/bin/Rscript.exe" -e "cat(R.version.string)"

預期： R 版本字串印出，>= 4.1.0。

失敗時： 裝或升級 R。Windows 自 https://cran.r-project.org/bin/windows/base/ 下。Linux 用 sudo apt install r-base。

步驟二：裝 putior

自 CRAN（穩定）或 GitHub（開發）裝。

# CRAN (recommended)
install.packages("putior")

# GitHub dev version (if latest features needed)
remotes::install_github("pjt222/putior")

預期： 套件無錯裝。library(putior) 默載。

失敗時： 若 CRAN 裝失敗報「not available for this version of R」，用 GitHub 版。若 GitHub 失敗，核 remotes 已裝：install.packages("remotes")。

步驟三：裝選擇性依賴

依所需功能裝選擇性套件。

# MCP server integration (for AI assistant access)
remotes::install_github("posit-dev/mcptools")
install.packages("ellmer")

# Interactive sandbox
install.packages("shiny")
install.packages("shinyAce")

# Structured logging
install.packages("logger")

# ACP server (agent-to-agent communication)
install.packages("plumber2")

預期： 每套件無錯裝。 各套件之功能：

• mcptools + ellmer：令 AI 助理可經 MCP 存取 putior
• shiny + shinyAce：啟瀏覽器基之互動沙箱
• logger：結構化日誌以供除錯
• plumber2：建 ACP 伺服器供代理間通訊

失敗時： mcptools 須先裝 remotes。 Linux 系統依賴錯則裝所需函式庫。 如 sudo apt install libcurl4-openssl-dev 為 httr2 之依賴。 於 macOS 可能需 brew install openssl。

步驟四：驗安裝

執基本管線以確一切運作。

library(putior)

# Check package version
packageVersion("putior")

# Verify core functions are available
stopifnot(
  is.function(put),
  is.function(put_auto),
  is.function(put_diagram),
  is.function(put_generate),
  is.function(put_merge),
  is.function(put_theme)
)

# Test basic pipeline with a temp file
tmp <- tempfile(fileext = ".R")
writeLines("# put id:'test', label:'Hello putior'", tmp)
cat(put_diagram(put(tmp)))

預期： Mermaid 流程圖代碼印至主控台含 test 與 Hello putior。

關鍵預設：所有掃描函數（put()、put_auto()、put_generate()、put_merge()）預設 recursive = TRUE，自動掃子目錄。此為自 0.2.0 前版本之破壞性變更，彼時預設為 FALSE。所有掃描函數亦接受 exclude 參數以供正則為基之檔過濾（如 put("./src/", exclude = "test_")）。

若選擇性 shiny 套件已裝，試互動沙箱：

putior::run_sandbox()

此啟基於瀏覽器之編輯器，可試驗 PUT 註解語法並即時見圖渲染。

失敗時： 若 put 未覓，套件未正確裝。以 install.packages("putior", dependencies = TRUE) 重裝。若圖空，驗暫存檔已建且註解語法用單引號於雙引號內。

驗證

• library(putior) 無錯載
• packageVersion("putior") 返有效版本
• put() 於含有效 PUT 註解之檔返一列資料框
• put_diagram() 產以 flowchart 始之 Mermaid 代碼
• 所有所請之選擇性依賴無錯載

常見陷阱

• 引號嵌套錯：PUT 註解於註解內用單引號：id:'name'，非 id:"name"（某些情境下與註解字串定界符衝突）。
• 無 Pandoc 缺小品文：若計畫本地建 putior 之小品文，確 RSTUDIO_PANDOC 於 .Renviron 中設。
• renv 隔離：若專案用 renv，須於 renv 函式庫內裝 putior。執 renv::install("putior") 而非 install.packages("putior")。
• GitHub 速率限：自 GitHub 裝 mcptools 可能無 GITHUB_PAT 而失敗。經 usethis::create_github_token() 設之。

相關技能

• analyze-codebase-workflow — 裝後調查代碼庫之下步
• configure-putior-mcp — 裝選擇性依賴後設 MCP 伺服器
• manage-renv-dependencies — 於 renv 環境內管 putior
• configure-mcp-server — 通用 MCP 伺服器配置