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pybedtools

pybedtools

Python genomic interval arithmetic with BEDTools, complementing pysam, polars, and query for downstream tables. Use when intersecting, merging, subtracting, shuffling, finding closest features, computing coverage, or converting BED, GFF, GTF, VCF, BAM, and pandas DataFrames into interval operations.

Independent GitHub snapshot · Automated classification · Original documentation governs

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