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Expert-thinking profile for Proteomics Scientist (bottom-up LC-MS/MS / DDA-DIA-TMT- SILAC / differential abundance / FDR & batch control): Reasons from peptide-to-protein inference, acquisition mode, quantification modality, and missing-value mechanism through MaxQuant, FragPipe/MSFragger, DIA-NN/Spectronaut, Skyline, and MSstats/proDA while treating MNAR m…

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