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snakemake-workflow-engine

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Python-based workflow manager for reproducible, scalable pipelines. Define rules with file-based dependencies; Snakemake resolves execution order and parallelism. Runs local, SLURM, LSF, AWS, GCP via profiles; per-rule conda/Singularity envs. For NGS pipelines, ML training, and multi-step file processing. Use Nextflow for Groovy dataflow or nf-core integrat…

Independent GitHub snapshot · Automated classification · Original documentation governs

Jjaechang-hits / sciagent-skillsSource-available

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