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Productividad · SKILL.md

vcf-variant-filtering

vcf-variant-filtering

Guide to quality filtering raw VCF files before computing summary stats (Ts/Tv ratio, variant counts, AF distributions). Covers detecting raw VCFs via FILTER column and QUAL inspection, QUAL-based filtering with bcftools, Ts/Tv interpretation, and when NOT to filter. Read before any variant-level QC task. See bcftools-variant-manipulation for advanced filte…

Independent GitHub snapshot · Automated classification · Original documentation governs

Jjaechang-hits / sciagent-skillsSource-available

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