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Datos e investigación · SKILL.md

plink2-gwas-analysis

plink2-gwas-analysis

GWAS and population genetics tool. Processes PLINK (.bed/.bim/.fam), VCF, and BGEN; runs QC (MAF, HWE, missingness), IBD estimation, PCA, and linear/logistic regression GWAS. Outputs Manhattan-ready summary stats. Use regenie or SAIGE for biobanks (>100k samples) needing mixed models.

Independent GitHub snapshot · Automated classification · Original documentation governs

Jjaechang-hits / sciagent-skillsSource-available

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