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name: manage-bibliography locale: wenyan source_locale: en source_commit: 82c77053 fence_basis_commit: 82c77053 translator: "Julius Brussee homage — caveman" translation_date: "2026-04-24" description: > Create, merge, and deduplicate BibTeX bibliography files using R packages (RefManageR, bibtex). Parse .bib files into structured R objects, merge multiple bibliographies with deduplication by DOI or title similarity, generate entries from DOI/ISBN/arXiv ID, and export clean sorted .bib files. Use when creating a new .bib file for an R Markdown or Quarto project, merging bibliographies from multiple collaborators, deduplicating a .bib that has grown through copy-paste accumulation, or generating BibTeX entries programmatically from DOIs or other identifiers. license: MIT allowed-tools: Read Write Edit Bash Grep Glob metadata: author: Philipp Thoss version: "1.0" domain: citations complexity: intermediate language: R tags: citations, bibliography, bibtex, R, RefManageR

管書目

以 R 建、合、去重 BibTeX 書目檔。此技涵書目管之全期：解既 .bib 檔為結構化 R 物、自識別字（DOI、ISBN、arXiv ID）生新項、以智去重合多書目、並出淨一致格式之 .bib。

用時

• 為 R Markdown 或 Quarto 項目建新 .bib
• 合自多合作者或源之書目
• 去經複貼積之 .bib 之重
• 自 DOI 或他識別字程序化生 BibTeX 項
• 清並統一既 .bib（一致之鍵、序之欄）

入

• 必要：一或多 .bib 檔之路，或 DOI／ISBN／arXiv ID 之列
• 可選：出 .bib 檔之路（預設：references.bib）
• 可選：去重策略（doi、title、both；預設：both）
• 可選：序（author、year、key；預設：key）
• 可選：鍵生型（預設：AuthorYear）

法

第一步：裝並載所需之包

required_packages <- c("RefManageR", "bibtex", "stringdist")
missing <- required_packages[!vapply(required_packages, requireNamespace,
                                     logical(1), quietly = TRUE)]
if (length(missing) > 0) install.packages(missing)

library(RefManageR)

**得：**諸包無誤而載。

**敗則：**若 RefManageR 裝敗，察 curl 與 xml2 系統庫是否可得。Ubuntu：sudo apt install libcurl4-openssl-dev libxml2-dev。

第二步：解既 .bib 檔

bib <- RefManageR::ReadBib("references.bib", check = FALSE)
message(sprintf("Parsed %d entries from references.bib", length(bib)))

# Inspect structure
print(bib[1:3])

# Access fields programmatically
keys <- names(bib)
years <- vapply(bib, function(x) x$year %||% NA_character_, character(1))

**得：**一 BibEntry 物含檔中諸項。項數配檔中 @article{、@book{ 等塊之數。

**敗則：**若解敗，察未配之括或 .bib 中訛之 UTF-8。以嚴解為後備：bibtex::read.bib()。

第三步：自識別字生項

# From DOI
entry_doi <- RefManageR::GetBibEntryWithDOI("10.1093/bioinformatics/btz848")

# From a vector of DOIs
dois <- c("10.1093/bioinformatics/btz848", "10.1038/s41586-020-2649-2")
entries <- do.call(c, lapply(dois, function(d) {
  tryCatch(
    RefManageR::GetBibEntryWithDOI(d),
    error = function(e) {
      warning(sprintf("Failed to fetch DOI %s: %s", d, e$message))
      NULL
    }
  )
}))
entries <- Filter(Negate(is.null), entries)

**得：**BibEntry 物具全元數據（題、作者、期刊、年、DOI）為每成功解之識別字。

**敗則：**DOI 解依 CrossRef API。若請敗，察網路與 DOI 之有效。大批或受速限；於請間加 Sys.sleep(1)。

第四步：合多書目

bib1 <- RefManageR::ReadBib("project_a.bib", check = FALSE)
bib2 <- RefManageR::ReadBib("project_b.bib", check = FALSE)

# Simple merge
merged <- c(bib1, bib2)
message(sprintf("Merged: %d + %d = %d entries (before dedup)",
                length(bib1), length(bib2), length(merged)))

**得：**一合之 BibEntry 物含二檔之項。

第五步：去重

deduplicate_bib <- function(bib, method = "both") {
  n_before <- length(bib)
  keys_to_remove <- c()

  for (i in seq_along(bib)) {
    if (names(bib)[i] %in% keys_to_remove) next
    for (j in seq(i + 1, length(bib))) {
      if (j > length(bib)) break
      if (names(bib)[j] %in% keys_to_remove) next

      is_dup <- FALSE
      if (method %in% c("doi", "both")) {
        doi_i <- bib[[i]]$doi %||% ""
        doi_j <- bib[[j]]$doi %||% ""
        if (nzchar(doi_i) && nzchar(doi_j) && tolower(doi_i) == tolower(doi_j)) {
          is_dup <- TRUE
        }
      }
      if (!is_dup && method %in% c("title", "both")) {
        title_i <- tolower(gsub("[^a-z0-9 ]", "", tolower(bib[[i]]$title %||% "")))
        title_j <- tolower(gsub("[^a-z0-9 ]", "", tolower(bib[[j]]$title %||% "")))
        if (nzchar(title_i) && nzchar(title_j)) {
          sim <- 1 - stringdist::stringdist(title_i, title_j, method = "jw")
          if (sim > 0.95) is_dup <- TRUE
        }
      }
      if (is_dup) keys_to_remove <- c(keys_to_remove, names(bib)[j])
    }
  }

  if (length(keys_to_remove) > 0) {
    bib <- bib[!names(bib) %in% keys_to_remove]
  }
  message(sprintf("Deduplication: %d -> %d entries (%d duplicates removed)",
                  n_before, length(bib), n_before - length(bib)))
  bib
}

merged <- deduplicate_bib(merged, method = "both")

**得：**重項已除。所除重之數已印。

**敗則：**若題比過激（除非重者），升相似閾至 0.95 上，或僅用 method = "doi"。

第六步：序並出

# Sort by citation key
sorted_bib <- sort(merged, sorting = "nyt")  # name-year-title

# Export to .bib file
RefManageR::WriteBib(sorted_bib, file = "references.bib", biblatex = FALSE)
message(sprintf("Wrote %d entries to references.bib", length(sorted_bib)))

**得：**淨 .bib 檔寫於盤，格式一致，每塊一項，依引鍵字母序。

**敗則：**若 WriteBib 生編碼之疑，確 R 會 locale 支援 UTF-8：Sys.setlocale("LC_ALL", "en_US.UTF-8")。

驗

• 出 .bib 檔無誤而解：RefManageR::ReadBib("references.bib")
• 項數合預期（入數減重）
• 無重 DOI 存：出中諸 DOI 皆唯一
• 諸項具引鍵
• 每項類之所需欄皆具（作者、題、年至少）
• 檔為有效 BibTeX（以 bibtex::read.bib() 試）

陷

• 編碼之疑：Latin-1 重音之 .bib 破 UTF-8 解者。先轉編碼：iconv -f ISO-8859-1 -t UTF-8 old.bib > new.bib
• 未配之括：單一缺之 } 靜失項。大檔解前驗括之衡
• DOI 速限：CrossRef 節未認證之請。以 RefManageR::BibOptions(check.entries = FALSE) 設禮之信並批請
• 鍵衝突：合具重鍵之檔（二者皆有 Smith2020）靜蓋。合後重生鍵
• 題中之 LaTeX：題含 {DNA} 或 $\alpha$ 需謹處；RefManageR 保之而下游工具或剝之

參

• format-citations — 格式書目項為樣之引
• validate-references — 驗 .bib 項之全與 DOI 之可解
• ../reporting/format-apa-report — 以書目生 APA 格之報
• ../r-packages/write-vignette — 建引參考之包篇