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name: daily-papers-notes description: | Generate full notes for must-read recommendations, maintain concepts, and backfill links. English triggers: "generate paper notes", "batch paper notes". This is pipeline stage 3.

论文笔记生成（3 步流水线的第 3 步）。补充概念库，为推荐论文生成完整笔记， 链接回填到推荐文件；目录页默认自动刷新，git 自动化默认关闭。

触发词："批量笔记"、"跑一下论文笔记"

Language / 语言

First resolve OUTPUT_LANGUAGE using language selection. For an English request (or an explicit request for English), read and follow the English workflow instead of the Chinese body below. 中文请求继续执行下文；用户明确指定的语言优先。内部阶段继承语言，不从论文或工具输出重新判断。

执行环境

开始前读取 Agent 运行约定，解析当前 Skill 目录、有效配置和 TEMP_DIR，再执行下文。

开始前: 先说一声 "开始整理笔记 📝" 并告知今天日期。

论文笔记 (Concepts + Notes + Backfill)

你是 用户的论文笔记系统（3 步流水线的第 3 步）。补充概念库 → 生成论文笔记 → 链接回填 → 刷新目录页。

Step 0: 读取共享配置

运行 python3 ../_shared/user_config.py，使用其输出的合并配置（含个人配置和环境变量覆盖）。

显式生成并在后续统一使用这些变量：

• VAULT_PATH
• NOTES_PATH
• CONCEPTS_PATH
• DAILY_PAPERS_PATH
• AUTO_REFRESH_INDEXES
• GIT_COMMIT_ENABLED
• GIT_PUSH_ENABLED
• ENRICHED_INPUT = {TEMP_DIR}/daily_papers_enriched.json
• RECOMMENDATION_PATH：上阶段传入的实际推荐文件路径；独立调用时按日期定位中/英文文件，如两份均存在且无法确定本次目标，先确认目标再写入。

其中：

• NOTES_PATH = {VAULT_PATH}/{paper_notes_folder}
• CONCEPTS_PATH = {NOTES_PATH}/{concepts_folder}
• DAILY_PAPERS_PATH = {VAULT_PATH}/{daily_papers_folder}
• GIT_PUSH_ENABLED 只有在 GIT_COMMIT_ENABLED=true 时才可能为真

后续步骤统一使用上面的变量。

前置检查

1. 检查 {TEMP_DIR}/daily_papers_enriched.json 是否存在
2. 检查今天的推荐文件 {RECOMMENDATION_PATH} 是否存在
3. 如果任一不存在，告知用户需要先运行前置步骤，然后停止

工作流程

Step 1: 概念库补充

1a: 提取概念列表

1. 扫描今天的推荐文件，提取所有 [[...]] 链接
2. 额外从 {TEMP_DIR}/daily_papers_enriched.json 的 method_names 列表中提取所有方法名
3. 合并去重

1b: 过滤 只保留以下类型的术语（跳过通用词、论文自身名称、公司名、人名）：

• 方法/模型名（如 Q-Former, Parseval Regularization, CVAE, PCM）
• 数据集名（如 AMASS, LaFan1, MotionX, AndroidCode）
• 仿真器/框架名（如 OmniGibson, IsaacLab, Acados）
• 技术概念名（如 System Level Synthesis, Consistency Model）

1c: 创建缺失的概念笔记（自动归类） 检查 {CONCEPTS_PATH}/ 下是否已存在（搜索所有子目录）。对于缺失的概念，根据概念类型自动归类到对应子目录，不要全扔 0-待分类/。

分类规则见 ../paper-reader/references/concept-categories.md

概念笔记模板见 ../paper-reader/references/concept-categories.md

Step 2: 论文笔记生成

为推荐论文生成完整论文笔记：

1. 从今天的推荐文件中，读取分流表，筛选出标记为"必读"或 "Must read" 的论文（"值得看"和"可跳过"的不生成笔记）
2. 质量检查已有笔记（不是只看文件是否存在）：
   • 对已有 📒 **笔记** / 📒 **已有笔记** / 📒 **Note** / 📒 **Existing note** 标记的论文，用 Glob 找到对应笔记文件，检查行数
   • 行数 < 100 的视为骨架笔记，必须重新生成（保留有效内容，重新调用 paper-reader 补全）
   • 行数 >= 100 且包含 ## 关键公式 / ## Key equations 和 ## 关键图表 / ## Figures and tables 的才算合格，可以跳过
3. 对每篇需要生成/重新生成的论文，执行 paper-reader（传入 arXiv 链接）
   • 不要指定固定的输出路径，让 paper-reader 自行决定文件名和分类目录
   • paper-reader 会用方法名缩写作为文件名（如 DAPL.md），并自动分类到正确子目录
   • agent 完成后，用 find 或 Glob 找到实际生成的笔记文件路径和文件名，记录下来供 Step 3 回填用
4. 笔记生成后，paper-reader 会自动补充概念库，无需重复

铁律：不论论文数量多少，"必读"的论文全部生成笔记，一篇不能少。 耗时长是正常的，不是偷懒的理由。如果 context 接近上限，先把已完成内容落盘； 只有在 GIT_COMMIT_ENABLED=true 时才允许做阶段性 commit。然后告知用户剩余论文需要在新会话中继续，绝对不能默默跳过。

⚠️ 笔记质量硬性要求

每篇论文必须遵循 paper-reader 的完整工作流，不能用简化笔记替代。 不要因为"怕 context overflow"或"论文太多"就自己写个 70 行的骨架糊弄过去。 宿主支持且允许子 Agent 时，可用独立上下文运行 paper-reader；否则读取其 SKILL.md 和引用模板，在当前会话逐篇执行，并及时保存进度。

笔记质量由 paper-reader skill 自身保证（模板、公式、图片、概念链接等规则均在 paper-reader 中定义）。

🔍 生成后质量验证（每篇必须执行）

每篇笔记生成后，立即验证：

1. 文件行数 >= 120（低于此值说明内容不完整）
2. 包含 $ 或 $ LaTeX 公式（至少 2 处）
3. 包含 ![ 图片引用（至少 1 张）
4. 包含 ## 关键公式 / ## Key equations 和 ## 实验结果 / ## 实验 / ## Experiments section header
5. 若检查未通过，对照原论文修复并复核；保留已有有效内容。行数只是骨架筛查，不能为凑行数、公式或图片数量编造内容；原论文本身没有某类内容时明确注明。

Step 3: 笔记链接回填

论文笔记全部生成完成后，将笔记链接回填到当天的推荐文件中。

3a: 收集已有笔记

用 Glob 扫描 {NOTES_PATH}/ 下所有子目录（跳过 {CONCEPTS_PATH}），获取所有 .md 文件列表，建立 {文件名(不含.md): 相对路径} 的索引。

3b: 匹配论文与笔记

读取当天推荐文件 {RECOMMENDATION_PATH}，对每篇论文（### N. 开头的段落）：

1. 从论文标题中提取方法名/模型名（通常是标题冒号前的缩写，如 "DM0"、"BPP"、"PA3FF"）
2. 与 3a 的笔记索引匹配（不区分大小写）
3. 也检查富化数据的 method_names（如果有残留数据）

3c: 插入笔记链接 + 修正分流表

回填现有文件时保留文件的标签语言：中文 来源 / 笔记 / 已有笔记 / 分流表 对应英文 Source / Note / Existing note / Reading priorities。可运行 python3 backfill_links.py --recommendation "{RECOMMENDATION_PATH}" --notes-dir "{NOTES_PATH}"，并检查未匹配项。

对匹配到笔记的论文，在 - **来源**: 行之后插入一行：

- 📒 **笔记**: [[笔记名]]

其中 笔记名 是不含 .md 后缀的文件名（Obsidian 会自动解析到正确路径）。

• 如果该论文已有 📒 **已有笔记** 或 📒 **笔记** 行，跳过不重复添加
• 使用 Edit 工具逐篇插入，确保不破坏文件其他内容

3d: 同步修正分流表 wikilink

paper-reader 生成笔记时会自行决定文件名（通常用方法名缩写，如 DAPL），可能与分流表中的 [[wikilink]] 不一致（如分流表写了 [[Emerging Extrinsic Dexterity]]）。因此回填时必须检查并修正：

1. 对每篇已生成笔记的论文，拿到实际笔记文件名（如 DAPL）
2. 在分流表（## 分流表 区域）中查找该论文的 [[...]] 链接
3. 如果 wikilink 文本与实际笔记文件名不一致，用 Edit 替换为 [[实际文件名]]
4. 同样检查论文详评标题下方是否有不一致的 wikilink，一并修正

Step 4: 刷新 MOC 索引

只有在 AUTO_REFRESH_INDEXES=true 时才执行：

python3 ../_shared/generate_concept_mocs.py
python3 ../_shared/generate_paper_mocs.py

默认配置下这个开关是开启的，所以新增的概念和论文笔记通常会自动反映到各分类目录页中。

Step 5: Git 提交

仅当 GIT_COMMIT_ENABLED=true 时执行，并且必须先检查：

1. VAULT_PATH/.git 存在
2. git add -A 后确实有 staged changes

满足条件后才 commit：

cd {VAULT_PATH} && git add -A && git commit -m "daily papers: notes YYYY-MM-DD"

只有在 GIT_PUSH_ENABLED=true 且仓库已配置远端时才 push。

输出

完成后告知用户：

• 创建了多少个新概念
• 生成了多少篇论文笔记
• 回填了多少个笔记链接
• 流水线全部完成

注意事项

• 如果前置文件不存在，必须先运行前面的步骤
• paper-reader skill 会自动处理概念库补充，不要重复创建
• 仅为"必读"论文生成笔记，"值得看"不生成，耗时正常，不是跳过的理由
• 默认自动刷新目录页，但默认不做 git commit / push
• 绝对禁止以下偷懒行为：
  • 自己手写 70 行骨架笔记代替 paper-reader 输出
  • 以"context overflow"为由跳过论文不生成笔记
  • 看到文件已存在就跳过，不检查质量
  • 生成笔记后不做质量验证
• 如果 context 真的接近上限：先保存已完成的笔记；只有在 GIT_COMMIT_ENABLED=true 时才 commit。然后明确告知用户还有 N 篇未完成，需要在新会话中运行 跑一下论文笔记 继续。绝不能默默跳过